至于叛军作乱比较厉害的川湖和中原、陕甘、两广、云贵这几个军区，则要求地方文官加强围剿外，刘钧还将调精兵进驻协剿。

尤其是叛军势力较强的中原和云贵、陕甘这三个军区，刘钧各调精锐前往。往中原调一镇五万人协剿，陕甘和云贵，则各调派两个整编军进剿，各六万人马。

“首先当拿下洛阳。”傅山向刘钧建议，“臣提议应当先集中兵马围攻洛阳，待洛阳拿下之后，再兵分三路，一路陕甘，一路川湖，一云贵。”

“洛阳是叛军中心，攻破洛阳，擒住朱常洵、李自成，必能取得震慑天下的效果。”

李邦华提出一点担忧，“这样兵分多路，兵力不免分弱，且补给等会负担极重。不若自北向南，一路平定过去。这样大军南下，也不会有后顾之忧。”

“粮食的问题不用担忧。”刘钧道，各地已经开始了夏收，军队南下可以就地解决粮食。而且粮食总署也在各地兴建粮站粮仓，其中在一些重要的水陆码头，都兴建了大型的粮仓，里面都囤有不少粮食，本来就是为了各地有需，可以随时转运的。现在要平乱打仗，这些粮仓正好补给。

不过对于剿匪的路线，刘钧有自己的想法。

“朕打算兵分三路，一路搭乘战舰沿海南下，将山东、三江、闽浙、两广等省的叛军平定。而另一路则自从京师入山西，然后一路南下，最后进攻洛阳，再入陕甘平乱。最后一路，自运河南下，沿直隶、河南、江北入长江，再逆江而上，进剿长江一沿线的两湖、四川。

最后，东路海上这一支兵马自广西入云贵，中路长江这一路，也在平定四川叛乱后进入云贵，两路兵马汇总。

最后陕甘的这一路，平定关中后，一路向西，最后打到青海去。”

刘钧的计划相当宠大，三路大军，每路军两个整编军组成。足六万兵马。刘钧甚至并不只是冲着那些前明的宗室们去的，他还要趁此机会把那些土司也收拾一遍。

这六镇兵马剿平叛乱后，以后就要常驻西南和西北，广西、云南、贵州、四川、陕西、甘肃。六个省，每省驻一个整编军。

“在这三路平叛大军外，各省驻军和乡军等负责好本省防御。张山和蔡远以及齐国远的河南兵马，将作为总预备军。”