就在欧洲共同体承认波斯尼亚和黑塞哥维那独立的当天，其境内5个塞尔维亚人自治区宣布联合成立塞族共和国，独立于波斯尼亚和黑塞哥维那之外，但依然留在南斯拉夫社会主义联邦共和国之内。塞尔维亚人的行动立即招致了波斯尼亚和黑塞哥维那政府的镇压，驻扎在波斯尼亚和黑塞哥维那境内的南斯拉夫人民军亦招musilin和克罗地亚两族武装部队的攻击。武装冲突骤然升级。冲突由首都萨拉热窝向外蔓延，酿成全面内战。

1994年3月波斯尼亚和黑塞哥维那境内的musilin和克罗地亚人双方同意共组联邦，以共同对抗境内塞尔维亚人。1995年11月21日各方签署代顿和平协定，结束内战，并把波斯尼亚和黑塞哥维那分为波黑联邦以及塞族共和国两个政治实体。在这次的内战中波斯尼亚和黑塞哥维那境内共有20万人死亡，超过200万人流离失所。战争结束后，北约在波斯尼亚和黑塞哥维那的境内继续驻扎维和部队，2004年底由欧盟所取代。

2006年10月1日，大选举行。10月18日，中央选举委员会公布，波什尼亚克族的哈里斯·西拉伊季奇、塞尔维亚族的内博伊沙·拉德马诺维奇和克罗地亚族的泽利科·科姆希奇当选为zhuxi团成员。议会代表院42个席位中，民主行动党获得9席，波黑党获得8席，独立社会民主联盟和波黑社会民主党分别获得7席和5席，余下席位被其他一些政党和政党联盟获得。2007年2月9日，以尼科拉·什皮里奇为部长会议zhuxi的政府宣誓就职。

2014年2月4日，发生反政府示威，或被称为波斯尼亚之春，这场始于北部城镇图兹拉的示威的名字来源于阿拉伯之春。起因是来自几家破产的私人企业的工人联合起来要求政府创造更多就业机会，付清工资，支付养老金。很快这场示威蔓延到国内其他地方，在近20个城镇均有暴力冲突报道，其中以萨拉热窝、泽尼察、莫斯塔尔、比哈奇、布尔奇科、图兹拉最大。据波斯尼亚新闻媒体报道在示威中有有数百人受伤，包括许多警察。另外在巴尼亚卢卡也有数百人集会支持反政府示威。

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