洪武三年（1370年），杀中书左丞杨宪。

洪武六年（1373年），朱元璋鉴于开国元勋多倚功犯法，虐暴乡闾，特命工部制造铁榜，铸上申戒公侯的条令，类似战国时代的“铸刑鼎”，已经隐约透露了日后屠戮的信号。后来的胡惟庸案实际上成为朱元璋整肃功臣的借口。

洪武八年（1375年），德庆侯廖永忠因僭用龙凤诸不法事，赐死。廖曾沉船淹死小明王，为朱元璋称帝扫清障碍。刘伯温蹊跷病逝。刘曾参与暗害小明王的密谋。

洪武九年（1376年），空印案发。

洪武十二年（1379年），贬右丞相汪广洋于广南，旋赐死。

洪武十三年（1380年），诛杀左丞相胡惟庸。

洪武十五年（1382年），设立锦衣卫，加强明朝特务统治。

洪武十八年（1385年），郭桓案发。

洪武二十三年（1390年），李善长的家奴卢仲谦告发李善长与胡惟庸往来勾结，以“狐疑观望怀两端，大逆不道”见诛，接续又诛杀陆仲亨与唐胜宗、费聚、赵雄三名侯爵，株连被杀的功臣及其家属共计达三万余人，连“浙东四先生”（刘基、宋濂、章溢、叶琛）亦不能免。朱元璋还特地颁布《昭示奸党录》。

洪武二十六年（1393年），蓝玉被锦衣卫指挥蒋献诬告谋反，牵连到十三侯、二伯，连坐族诛达一万五千人，把打天下的将领几乎一网打尽，此时又颁布《逆臣录》，诏示一公、十三侯、二伯。