城陷之际，浙江巡抚王有龄上吊自裁，浙江提督饶廷选、处州镇总兵文瑞力战身亡。

李秀成顾念王有龄心慈，出资三千两，厚殓之。

外城破，秀成督率大军，围攻满城。秀成射谕劝降，并请旨天京，大赦满人。

洪秀全接旨，思忖再三，允准赦免杭州投降之满人。

秀全旨下，正自嗟叹，英国参赞巴夏礼英国海军司令何伯求见，言欲与天朝合力，打倒清廷，平分中国。

秀全不许，道：朕争中国，意欲全图，事成平分，天下失笑，不成之后，引鬼入邦。

天王懿旨未至，众将欲攻，秀成不允，发谕文曰：天国忠王秀成咨劝杭州将军瑞昌，尔奉尔主之命镇守杭城，吾奉吾主之命来取，各扶其主，尔我不得不由，言和成之事，免伤男女大小性命。愿给舟船，尔有金银，并行带去，如无，愿给助资，送到镇江而止。满洲之人过我大国为帝，此是天命而来，非而自成。满待汉人其情本重，今各扶一君，两不得已，存我之心而为此事也。

杭州将军瑞昌不屑一顾，誓死不降。

李秀成乃令攻击，瑞昌自知必死，投水而逝，副都统杰纯、关福亦随其后。城破，满城之旗兵旗民，几近全亡。

秀成占得杭州，即调米万石，救济灾民；各贫户无本资生，秀成复筹钱二十万串，借其本而求其生，不索其利。

1862年1月7日，李秀成饬令主将邓光明、天将童容海驻守杭州，秀成自率大军，北进淞沪。